حکمت الهی و فلسفه بود. ولی محمد اسمعیل خان وکیل‌الملک نوری نایب‌الحکومه و وزیر وقت کرمان که بعدهم مستقلا حکمران کرمان بود، چون‌استعداد شخصی و موروثی او را برای فراگرفتن علم طب مساعدتر میدید او را بتحصیل این علم ترغیب کرد. در این میان در سال ۱۲۶۸ مدرسهٔ دارالفنون بر اثر مساعی میرزاتقی‌خان امیرکبیر در تهران دایر شده بود و پس از چندی بهمهٔ حکام ایالات و ولایات دستور صادر شد که از هر شهری چند تن از نجیب‌زادگان و فرزندان دانشمندان را که مستعد فراگرفتن علوم جدید باشند برای تحصیل در آن مدرسه بطهران روانه کنند. از کرمان مرحوم وکیل‌الملک او را در آخر سال ۱۲۸۲ قمری برای فراگرفتن علم طب در مدرسهٔ دارالفنون بتهران فرستاد و باینطریق میرزا علی‌اکبر نقیسی ساکن تهران شد. در سال ۱۲۸۹ دورهٔ تحصیل طب را بپایان رسانید و در سال ۱۲۹۰ که ناصرالدین‌شاه پس از بازگشت از سفر اول اروپا در صدد برآمد بیمارستانی مانند بیمارستانهای اروپا در تهران دایر کند وی را بریاست و مأموریت تأسیس آن بیمارستان که بعدها به بیمارستان دولتی مشهور شد برقرار کرد و سالها ریاست آن بیمارستان را داشت.
بعد از چندی که حاج میرزا حسین‌خان مشیرالدولهٔ سپهسالار بحکمرانی خراسان و تولیت آستان قدس رضوی منصوب شد میرزا علی‌اکبرخان ناظم‌الاطباءِ همراه او بخراسان رفت و بیمارستان رضوی را با اصول بیمارستانهای جدید اروپائی در مشهد احداث کرد و در سال ۱۲۹۹ دوباره بتهران بازگشت. چندی در اصفهان و قمشه و بختیاری اقامت گزید و در مراجعت بتهران سرگرم طبابت شد و سپس جزءِ اطبای حضور پادشاه وقت درآمد و بعد از چندی طبیب مخصوص اندرون شد و تا سال ۱۳۲۸ قمری در این مقام بود. ناظم‌الاطباءِ مدت پنجاه‌وهفت سال تمام مشغول طبابت بود و درضمن کتب گوناگون در طب و ادبیات تألیف و ترجمه کرد از جمله:
– کتاب در تشریح، که ترجمهٔ آنرا هنگام اقامت در قمشه شروع کرده و در اصفهان بپایان رسانده است.
– کتابی در پاتولوژی و کلینیک جراحی.
– رساله‌ای در فیزیک.
– رساله‌ای در جراحی.
– رساله‌آی در تراپوتیک.
