میرزا در سال ۱۲۳۲ هـ. ق. در سن ۱۵ سالگی بجای وی بحکومت کاشمر (ترشیز) منصوب و روانه گردید. اسمعیل میرزا در جنگ روس و ایران در سال ۱۲۴۱ هـ. ق. در سن ۲۴ سالگی یکی از سرکردگان سپاه ایران و در جبهه جنگ لنکران و سالیان مشغول به نبرد با روس‌ها بود و در ابتداء کارزار به موفقیت‌هائی نیز نائل گشت و در اواخر حیات پدر حاکم بسطام بود و در سال ۱۳۵۰ هـ. ق. که پدرش فتحعلیشاه در اصفهان درگذشت نامبرده از جمله شاهزادگانی بود که زیر بار سلطنت برادرزادهٔ خود محمدشاه نرفت و از وی اطاعت ننمود بلکه باستظهار جمعی از اهالی شاهرود و بسطام و ترکمنان بر علیه او قیام نمود و این هنگام که قائم‌مقام میرزا ابوالقاسم در رأس کار بود لشگری با اردشیر میرزا (برادر محمدشاه) و اسکندرخان قاجار دولو و ابراهیم خلیل‌خان سلماسی بسمت شاهرود برای قلع و قمع اسمعیل میرزا گسیل داشت اسمعیل میرزا پس از جنگ مقهور و گرفتار گردید و او را تحت‌الحفظ به تهران آوردند نامبرده در جزء ۱۰ نفر شاهزادگانی است که در قلعه اردبیل بامر محمدشاه قاجار محبوس بودند و پس از فرار سه نفر از آنان[۱] از زندان و پناهنده شدن بروسیه سایر شاهزدگان که اسمعیل میرزا نیز جزء آنان بود از اردبیل به تبریز منتقل و در آنجا تحت نظر قرار گرفتند.
در سال ۱۲۶۹ هـ.ق. در سن ۵۲ سالگی در تبریز که از سال ۱۲۵۱ هـ.ق. زیر نظر بود در گذشت. این شاهزادگان که فرزند و فرزندزادگان فتحعلیشاه که در اردبیل و بعد در تبریز زندانی و زیر نظر بودند چون اموال آنان از طرف شاه مصادره شد و ضبط گردید خانواده آنان اکثراً بفلاکت و بدبختی افتادند از آن جمله همین اسمعیل میرزا بود که یکی از پسرهایش (محمدشفیع میرزا) معمم و دعانویس شده بود. محمد حسنخان اعتمادالسلطنه در یادداشتهای روزانه خود حکایتی نقل کرده و چنین گوید: «یکشنبه ۸ ربیع‌الثانی ۱۳۰۲ : امروز شاه سوار نشدند منزل ماندند سان سوار اصانلو سپرده امین‌السلطان دیده شد تفصیل امروز را که مینگارم خاطرم آورد آش شاه سلطانحسین صفوی را نخود قل هو الله خواندند و بخورد قشون دادند و بمقابله افاغنه فرستادند! میرزا محمد منیجک (ملیجک) اول ادعا کرده بود شخصی است دعائی دارد گلوله‌بند هر کس آن دعا را با خود دارد گلوله باو کارگر نیست شاه تفصیل را به من و مچول‌خان[۲] فرمودند از ما انکار صرف شد منیجک اصرار میکرد بالاخره قرار شد آن دعا را بگردن مرغی به بندند و هدف تیر نمایند که تجربه حاصل شود شخص دعانویسی که محمدشفیع میرزا ولد اسمعیل میرزا ابن فتحعلیشاه بود مرد معمم درویش مسلک ریش سفیدی است بالای کوه آوردند وضو گرفت آیات چندی از قرآن تلاوت نمود که بسته بگردن مرغ بیچاره بستند منیجک این طرف آنطرف میدوید و اشتلم میکرد که این شخص را مخصوصاً پیدا کردم سالها زحمتش را کشیدم که دعائی بجهت ذات ملکوتی صفات همایون بنویسد که شاه حرز فرمایند چرا که مسئله اختراع دینامیت و قتل امپراطور روس[۳] مرا بوحشت انداخته مبادا کسی با این اسباب خدای نکرده قصد پادشاه کند خلاصه مرغ را بسته و دعا را
