نیز از در نافرمانی درآمده به جنگ برخاستند ولی سپس ناگزیر گردیده فرمانبرداری آشکار ساختند و او به هویزه درآمده به حکمرانی پرداخت سیدعلی خان نیز با پسران و بستگان خود روانۀ اصفهان گردید.
ولی منوچهرخان بیش از دو سال نماند که بار دیگر به لرستان بازگشت. سیدعلی می‌نویسد او چون طمع به اسب‌های اعراب کرده هر کجا اسب گرانبهایی سراغ می‌گرفت با زور از دست خداوندش در می‌آورد و آنگاه او دختر خود ماهپاره را آشکار سوار اسب کرده همراه خود به شکار می‌برد اعراب به دستاویز این کارهای او آماده شورش بودند و او چگونگی را دریافته به شاه نوشت که حکمرانی هویزه جز از دست سادات مشعشعی برنمی‌آید و اجازه گرفت که به لرستان باز گردد پس از او دو سال هم گماشته‌ای از جانب شاه به کارهای هویزه رسیدگی داشت تا سیدعلی خان پس از چهار سال درنگ در اصفهان به فرمان شاه بار دیگر به هویزه بازگشت.
در این بار نیز سیدعلیخان توانایی چندانی نداشت و پسران بسیار او به مردم چیرگی می‌نمودند. سیدعلی نوه او یک رشته داستانهایی ازو و از پسرانش نگاشته که ما در اینجا نمی‌آوریم.
در این زمان هم پادشاهی صفویان روی به افتادن و پایین رفتن داشت و روز بروز از شکوه و توانایی آنان می‌کاست هم والی‌گری مشعشعیان رونق خود را از دست داده زمان به زمان نابسامانی کار ایشان بیشتر می‌گردید. چنانکه گفته‌ایم این زمان همیشه سپاهی از قزلباش در دژ هویزه به پاسبانی می‌نشسته با این همه والیان بر اعراب چیره نبوده و آن توانایی را نداشته که از شورش و تاخت‌وتاز ایشان
