خود را مدیون او بود ولی چون باباخان برادرزاه خود را که بنام فتحعلی شاه بپادشاهی نشست ولیعهد خود کرد گمان برد که شاید جعفرقلی خان ازین برادر زاده تمکین نکند و درصدد آزار او بود. چون جعفرقلی خان حکمرانی اصفهان را از آقا محمد خان خواست وی این کار را ازو دریغ کرد و او را بمازندران فرستاد. پس از چندی جعفرقلی خان را نزد خود خواند، لیکن وی از آمدن ابا کرد و چون در میان زیردستان خود نفوذ بسیار داشت آقامحمدخان می‌ترسید که با او از در مخالفت درآید. سرانجام مادر خود را شفیع برانگیخت که برادر را نزد وی بفرستند و حکمرانی اصفهان را باو وعده‌ه کرد و خواست که پیش از رفتن باصفهان بطهران نزد او بیاید. جعفرقلی خان هم چنان در تردید بود ولی چون آقا محمد خان پی‌درپی پیغامهای بسیار محبت‌آمیز می‌فرستاد و وعدهٔ صریح میداد که بیش از یک شب او را در طهران نگه ندارد سرانجام جعفرقلی خان خام شد و فریب خورد و نزد برادر بطهران آمد. او هم وی را با کمال خوشرویی پذیرفت. فردای آنروز پس از آنکه آقا محمدخان برخی راهنمایی‌ها دربارهٔ حکومت اصفهان باو کرد و او را بدین گونه فریب داد گفت گمان دارم که شما هنوز این قصر سلطنتی طهران را درست ندیده‌اید، خوبست باباخان شما را راهنمایی کند ببیید و پس از تماشای آن برگردید. باز مطالبی دیگر هست که میخواهم با شما درمیان بگذارم. جعفرقلی خان هم بتماشای قصر بیرون آمد و هنگامی که از دالانی تاریک می‌گذشت چند تن بر سر او ریختند و او را کشتند. تا چندی پیش در طهران روبروی کاخ دادگستری کنونی تالار بسیار بزرگی از همان زمانهای آغاز دوران قاجارها بود که آنرا عمارت خورشید می‌گفتند و بجای آن دو ساختمان آجری وزارت دارایی را که اکنون هست ساخته‌اند و در زیر آن تالار بزرگ دالان دراز تاریکی بود که می‌گفتند جعفرقلی خان را آنجا کشته‌اند.
پس ازکشتن جعفرقلی خان آقا محمد خان درصدد برانداختن ترکمانانی برآمد که از سالیان دراز با خاندان وی همراهی کرده بودند و همواره با پدرش هم مساعد بوده‌اند و میخواست بدین‌گونه از همراهی که با برادرش جعفرقلی خان کرده‌اند انتقام بکشد. این بود که با سپاهی بجنگ ایشان رفت و درین جنگ خونریزی بسیار کرد و عدهٔ کثیر از زنان و فرزندان ترکمانان را اسیر کرد و با خود برد و عده‌ای ازین زنان تن باسارت و بردگی درندادند و در راه خود را کشتند.
از آن روز دشمنی بسیار سخت و کینه‌ای در میان ترکمانان ایران در برابر خاندان قاجار پیدا شد و بهمین جهة بودکه تقریباً در تمام مدتی که قاجارها در ایران پادشاهی داشتند ترکمانان هر وقت توانستند بر نواحی مجاور خود تاختند و مخصوصاً راه خراسان بطهران همواره مورد تاخت و تازشان بود و مسافران را غارت میکردند و زن و فرزندشان
