در ۱۱۹۸ که آقا محمد خان در مازندران با رستم خان زند فرستادهٔ علی مرادخان زند جنگ می‌کرد مرتضی قلی‌خان نیز با او همراه بود. چون علی‌مرادخان در مورچه‌خورت اصفهان درگذشت و مرتضی قلی خان ظاهراً با او پیمانی داشته است از ترس اینکه گرفتار شود از پیش آقا محمد خان بمیان ترکمانان استراباد گریخت و بگفتهٔ مؤلف ناسخ‌التواریخ «از آنجا بنزد پادشاه خورشید کلاه روس شده او را ترغیب بتسخیر ایران همی کرد تا در سنهٔ ۱۲۱۲ درگذشت، جسد او را بعتبات عالیات آورده مدفون ساختند».
پیداست که مراد از «خورشید کلاه روس» بتعبیر مورخان آن زمان یکاترین دوم امپراطریس معروف روسیه است و چنان مینمایدکه مرتضی قلی خان از راه دریای خزر بروسیه گریخته و بدربار تزارها پناه برده است و بدین‌گونه از ۱۱۹۸ تا ۱۲۱۲ چهارده‌سال در روسیه مانده است.
هدایت در روضةالصفای ناصری مینویسد که پس از مرگ کریم خان آقا محمدخان از شیراز بیرون آمد. چون بطهران رسید دوروز در ناحیهٔ خوار توقف کرد و چندی نیز با برادرش جعفر قلی خان در دولاب طهران ماند و چون دو طایفهٔ قاجارها یعنی قوینلو و دوالو که تا این زمان با هم مخالف بودند اتحاد کردند و مرتضی قلی خان و رضا قلی خان برادران دیگر رنجیدند و برو برخاستند. بمازندران رفتند و گروهی را گرد آوردند و سر راه را بر آقا محمد خان گرفتند و او را از رفتن بمازندران مانع شدند، زیرا که مرتضی قلی خان و مصطفی‌قلی‌خان خواهرزادگان حسن‌خان دوالو بیگلربیگی استراباد بودند و با سران قوینلو رقابت داشتند.
پس ازکشته شدن حسینقلی خان جهانسوزکه بجز رضا قلی خان از برادران دیگر مهتر بود مرتضی قلی خان باستراباد رفت و باشارهٔ وی میرزا علی خان دوالو حکمران آن شهر را کشتند و وی بر استراباد و مازندران استیلا یافت و مردم لاریجان هم با وی همداستان شدند.
چون آقا محمد خان بطهران رسید مرتضی قلی خان نزد او رفت اما دید که اگر مازندران را باو بسپارد چیزی برای او نخواهد ماند. وانگهی در خانهٔ پدرشان محمد‌حسن‌خان، مادر مرتضی قلی خان بیش از مادر آقامحمد خان احترام داشت و وی خود را ازو بالاتر میدانست و بهمین جهت اختلافی در میان برادران بود. نیز بهمین‌جهة مرتضی قلی خان راضی نشد که آقا محمد خان بمازندران برود و دو طایفه از مردم لاریجان را که بسفید و سیاه معروف بودند با خود همدست کرد و آن گروه در میان کلاکه راه تنگی داشت درختان را بریدند و بر سر راه افگندند و سنگ و خاک و شاخ درخت را بر سر راه کشیدند و سنگر بستند. رضاقلی خان برادر دیگر نیز بمرتضی قلی خان پیوست. آقا محمد خان هم جعفر
