مابعدالطبیعه و طبیعت است در بخش چهارم «گفتار» و رسالهٔ «تفکرات» و بخش اول رسالهٔ «اصول فلسفه» بیان کرده است، و تحقیقات راجع به طبیعت را در رسالههای چند قید نموده، و ماحصل آنها را در بخش دوم و سوم و چهارم رسالهٔ «اصول فلسفه» مندرج ساخته است.
الهیات
دکارت همچنان که در روش کسب علم، جادهٔ کوبیدهٔ پیشینیان را رها کرده، راه تازه در پیش گرفت، نسبت بخود علم نیز همین شیوه را اختیار کرد. یعنی: آنچه را از پدر و مادر و مردم و استاد و معلم و کتاب آموخته بود، نیست انگاشت؛ بساط کهنه را برچید، و طرح نو درانداخت، پس بنابراین گذاشت، که جمیع محسوسات و معقولات و منقولات را که در خزینهٔ خاطر دارد، مورد شک و تردید قرار دهد نه به قصد این که مشرب شکاکان اختیار کند که علم را برای انسان شک دستوری غیرممکن میدانند؛ بلکه باین نیت که به قوهٔ تعقل و تفحص شخصی خویش اساسی در علم بدست بیاورد، و مطمئن شود که علمش عاریتی و تقلیدی نیست. به عبارت دیگری: شک را راه وصول به یقین قرار داد، و از این رو آن را «شک دستوری»[۱] یعنی «مصلحتی» خوانده است، و گاهی هم «شک افراطی»[۲] میگوید تا آشکار باشد که عمداً شک را به درجهٔ افراط و مبالغه رسانیده است. و موجبات شک و تردید در معتقدات را چنین بیان میکند: که بمحسوسات اعتبار نیست، زیرا حس خطا بسیار میکند، و چون در خواب شخص بهیچوجه شبهه در بطلان مشهودات خویش ندارد، و حال آنکه یقیناً باطل است، پس: از کجا میتوان اطمینان کرد که معلومات بیداری همان اندازه بیاعتبار نیست؟ و آیا یقین است که من خود موجودم و دارای جسم و جانم؟ و چگونه میتوان دانست که مشیت خداوند بر این قرار نگرفته