دکارت سازگار نیامد ذات‌الریه گرفت، و پس از نه روز بیماری در سال ۱۶۵۰ به سن پنجاه و چهار درگذشت.
دکارت جاه و مقام ظاهری و آوازه و نام را سزاوار دلبستگی نمی‌دانست و جز اشتغال به علم و طلب حقیقت چیزی را بر خود روا نمی‌داشت، از هرچه او را از تحقیق و مطالعه بازمی‌داشت گریزان بود، و عمر را گرامی‌تر از آن می‌دانست که مصروف نشست و برخاست با ارباب دنیا شود.
بعضی بر دکارت عیب گرفته‌اند که در اظهار عقاید علمی و فلسفی شجاعت نداشته، و تقیه را که در اظهار حقایق جایز نیست روا داشته است، ولیکن باید در نظر گرفت که اهتمام و اشتیاق او همه به این بود که بی‌دغدغه و به فراغ خاطر عمر کوتاه را به کشف حقایق صرف کند، و در پی آن نبود که از افادات خویش شهرت و اعتبار تحصیل نماید، و هر چند قدر و منزلت یافتن پیش اهل فهم و دانش را دوست می‌داشت، معروفیت در نزد عوام در نظرش ناچیز بود چنانکه در یکی از نامه‌های خود می‌گوید: «آنقدر وحشی نیستم که نخواهم اگر از من یاد کنند به خوبی باشد، اما خوشتر دارم که هیچ از من یاد نکنند، و از شهرت بیم دارم چه آزادی و آسایش را محدود می‌سازد و من این دو چیز را بسیار خواهانم، و چنان عزیز میدارم که ثروت هیچ پادشاه را با آن برابر نمی‌دانم.» و از سخنان بدیع دکارت که احوال روحیهٔ او را به خوبی می‌نماید اینست که پس از بازگشت از سفر آخری پاریس به یکی از دوستان می‌نویسد: «در هر سفر دیدم روزگار با من سازگار نیست و دلتنگی من بیشتر از آنست که هیچکس از من، به جز دیدن چهرهٔ من نمی‌جست، گوئی طالبان اقامت من در فرانسه مانند مشتاقان دیدن فیل و شیر و پلنگ می‌باشند؛ از آن جهت که وجودهای نادرند، نه از سبب سودی که در آنها باشد.» و نیز در نامهٔ دیگر به مناسبت گفتگو از تصنیفی در اخلاق می‌گوید: «ای کاش هیچ نگارش نکرده بودم چه، می‌بینم آسایش را از من گرفته است. آن زمان که از علوم طبیعی می‌نوشتم هزار بلا به سرم آوردند پس چه خواهند کرد روزی که از قدر و قیمت
