تپه‌های جعفرآباد با تفنگ و شصت‌تیر میجنگید. این جنگ در روز دوشنبه اول صفر ۱۳۴۰ (۹ میزان ۱۳۰۰) واقع شده تا عصر آنروز ادامه داشت و در نتیجه نیمی از قوای ژاندارم کشته و نیمی فرار کرد، وکلنل یکه و تنها در حالیکه محاصره شده بود تا آخرین فشنگی که داشت جنگید تا کشته شد و جنگ جعفرآباد خاتمه یافت.
پس از پایان جنگ، کردهای قوچانی حین تصادف بنعش کلنل از قرینه و علامات نظامی او را شناخته سرش را از تن جدا کرده بقوچان بردند.
حوادث بعد:
روز ۱۲ میزان ۱۳۰۰ خبر کشته شدن کلنل در شهر مشهد اشاعت یافت، محمود خان نوذری بلافاصله باتفاق آیةاللّه‌زاده که تازه از بیرجند وارد مشهد شده بود بتلگرافخانه رفت و دولت را از قتل کلنل آگاه ساخت و خود نیز اظهار اطاعت از اوامر دولت نموده کفالت امور موقةً از طرف دولت باو واگذار شد.
روز ۱۵ میزان جنازه و سر کلنل محمدتقی خان با تجلیل و احترامات نظامی بمشهد وارد شد. یکعده از صاحبمنصبان و افراد ژاندارم و جمعی از اهالی شهر جنازه را با ابراز احساسات و ایراد نطقهای پرهیجان مشایعت مینمودند.
چون حین عبور جنازه در شهر، از طرف محمود خان نوذری و بعضی از هواخواهان مرحوم کلنل نطقهای پرحرارتی ایراد و احساسات شدیدی بروز داده میشد دولت مرکزی را نگران ساخته دستور داده شد قوای نظامی دولت از شاهرود و قوای چریک سرحدی بمشهد نزدیکتر شوند.
همانروز جنازهٔ کلنل در مقبرهٔ نادرشاه دفن و ظاهراً غائلهٔ کلنل محمد تقیخان خاموش شد و چند روز بدین منوال گذشت. قوای نظامی دولت بسرکردگی حسین آقا خان خزاعی میرپنج از شاهرود بطرف مشهد حرکت کرد. اردوهای ژاندارم خراسان نیز متدرجاً از محاصره و قتل کلنل آگاه شده دست از عملیات خود در میدانهای جنگ برداشته شروع بعقب‌نشینی نمودند، بعضی از این اردوها متفرق و بعضی منظماً بمشهد بازگشتند.
