حکومت قوی‌تری مغلوب گردید سکنه و مردم چندان اصراری ندارند که دوباره آن حکومت بر سر کار آید ولی با مذهب چنین معامله‌ای را نمیتوان کرد. مذهب در بین آنها مقدس و برای حفظ آن از مال و جان خود دریغ نمی‌نمایند. این است که اگر برای شکست دادن قوای یک دولت شرقی عده‌ای صاحب منصب و قشون و مقدار لازم مهمات جنگی میفرستادند برای متزلزل نمودن قوه مذهبی آنها هم یکعده علمای روحانی و مبلغین دینی اعزام میداشتند. در داخله از اشخاص عالم مخصوصاً از طبقه روحانیون پیدا نموده آنها را حاضر میکردند علم مخالفت را در تحت عناوینی که همه با آنها آشنا هستند بلند کنند. در ممالک شرقی عموماً و در مملکت ایران خصوصاً این نوع وقایع در تاریخ یکصد و پنجاه سال گذشته نظایر بسیار داشته است.
در تاریخ منتظم ناصری جزء وقایع سال ۱۲۳۲ هجری (۱۸۱۶ میلادی) چنین مینویسد:
«ایران فعلاً از طرف روسها فراغت حاصل نموده انتظار داشت چندی راحت خواهد بود ولی قبلا برای آن نقشه‌هائی کشیده شده بود که ممکن نبود ایران برای خود روزهای راحت و آسوده خیال کند که یک آن آسوده باشد. در این هنگام است که زمزمه فتنه طایفه اسماعیلی در یزد شروع میشود. میرزا خلیل‌الله مرشد این طایفه که چندی حاکم کرمان و بعد ساکن محلات قم و یزد بوده و معروف بود به شاه خلیل الله، در این سال (۱۲۳۲) میان ملازمان او و اهالی یزد نزاعی در گرفت و او در آن نزاع کشته شد و آقا خان ولد اکبر شاه خلیل الله بشرف مصاحرت پادشاهی و حکومت قم و محلات نایل آمد و این اتفاق مقدمه یک فتنه بود که بعدها شرح آن بیاید.»
هنوز از این فتنه فراغی حاصل نشده بود که فتنه افغان و شورش امراء خراسان و حمله امیر خوارزم بخراسان شروع میگردد.
از این تاریخ ببعد ایران در میان دو آتش سوزان گرفتار است و این گرفتاری قریب چهل سال طول کشید و بالاخره به انعقاد معاهده پاریس در سال ۱۲۷۳ هجری (۱۸۵۷ میلادی) منجر شد که شرح آن در موقع خود بیاید.
